清代以前,无论是北方民族政权时期,还是中原封建王朝统治下,内蒙古地区从未形成为一个单独的地方行政区域。内蒙古作为地域名称,来源于明代的漠南。
公元 1480年(明成化十六年) 巴图蒙克即汗位。称达延汗(大元可汗的异译)。再度统一了蒙古。他实行的分封制度对后世产生了深远影响,由此形成了漠南、漠北的各部,成为清朝在蒙古地区设立盟旗的基础。公元1517年(明正德十二年)达延汗去世后蒙古地区又逐渐出现了封建割据的局面。蒙古封建领主形成了三个集团:漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古、漠西卫拉特(即瓦剌)蒙古。明末的漠南蒙古,东起今吉林,西至贺兰山,南接长城,北临瀚海,东面有嫩江流域的科尔沁和西拉木伦河流域的巴林、扎鲁特、奈曼、翁牛特、喀喇沁、土默特部,西面有归化城土默特、河套地区鄂尔多斯等部;察哈尔居中,为漠南蒙古各部名义上的宗主部。
公元1636年(明崇祯九年,清崇德元年),漠南蒙古十六部四十九个封建主聚会于盛京(今沈阳),承认后金皇太极为蒙古汗的继承者,并上博克达·彻辰汗(宽温仁圣皇帝)尊号。同年,皇太极国号更为大清,即皇帝位,改元崇德。从此,漠南蒙古诸部臣属了清朝,并在清朝统一全国的过程中出了力量。同年,清朝把明末的漠南各部的大部分地区划为“外藩蒙古”中的“内札萨克蒙古”六盟四十九旗。它们有兵权,直统于理藩院。这六个盟分别是哲里木盟(包括今哲里木盟、兴安二盟及黑龙江、吉林、辽宁的部分地区)、昭乌达盟(今赤峰市大部)、卓索图盟(今赤峰市南部及辽宁省部分地区)、锡林郭勒盟(今锡林郭勒盟北部)、乌兰察布盟(今乌兰察布、巴彦淖尔盟二市北部)和伊克昭盟(今鄂尔多斯市及巴彦淖尔市河套部分地区)。公元1664年(清康熙三年),清朝将内札萨克蒙古和外札萨克蒙古,便以数千里大漠(今中国和蒙古国边界一带)为界,划为内蒙古和外蒙古。从此,内札萨克蒙古各盟、旗分布的地域,即称为内蒙古。“内蒙古”这个地区称谓,即自此时沿用至今。
清朝时期,内蒙古(漠南)地区除了“外藩蒙古”中的“内札萨克蒙古”六盟四十九旗外,还有被清朝列为“内属蒙古”的察哈尔八旗、归化城土默特两翼旗、呼伦贝尔和西布特哈(今呼伦贝尔盟东部)各旗,以及列为外札萨克蒙古的阿拉善旗和额济纳旗。