1125年,契丹贵族耶律大石以巴拉沙衮为首府建立强大的西辽政权,高昌回纥和喀喇汗朝相继成为它的属国。1211年,成吉思汗西征,新疆和整个中亚地区都归入蒙古大汗国的版图,塔里木盆地是成吉思汗次子察合台的封地,後来发展成察合台汗国。1370年左右,察合台汗国分裂为多个地方割据政权。尽管各割据政权的首领都是蒙古贵族,但是当他们进入塔里木盆地和中亚河中地区後,由于长期生活于操突厥语的居民中间,蒙古贵族和士兵从语言、习惯和生活方式上也都逐渐突厥语化和伊斯兰教化了。
16世纪初,察合台的後代赛义德汗在喀什噶尔建立“叶尔羌汗国”。1513年,赛义德汗以伊斯兰教为旗帜,统一了整个塔里木盆地,完全肃清了佛教势力。从此以後,塔里木盆地各绿洲的居民在政治、经济、文化和宗教上完全统一,也才有了共同的民族心理意识。现代意义上的维吾尔族形成了。
在南疆处于察合台後人统治之下时,原来游牧于蒙古草原和叶尼塞河上游的蒙古厄鲁特部进占了新疆北部。17世纪初,厄鲁特部中最强的准噶尔部在北疆建立政权,史称"准噶尔汗国"。1678年准噶尔汗国的噶尔丹汗在维吾尔人阿帕克和卓的引导下,率领准噶尔军队南下,消灭了叶尔羌汗国,并建立了以阿帕克和卓为“帕夏”(皇帝)的政权,对南疆实行统治。
阿帕克和卓是伊斯兰教中的伊禅派首领,他建立的是政教合一的农奴制政权。从此以後,阿帕克和卓及其後人,为了保住自己的统治地位,相继依靠准噶尔部蒙古人和中亚的外来侵略者,在近200年中,不断在南疆制造分裂和暴乱,给维吾尔族人民造成了巨大的灾难。
1755年清朝军队灭亡了准噶尔部,统一了新疆。不久,阿帕克和卓的後人大、小和卓在南疆发动反清叛乱,1759年被清军镇压。1820年至1828年,大和卓的孙子张格尔曾几次从中亚浩罕国窜回南疆,策动叛乱。1865年,张格尔之子布素鲁克又伙同浩罕军官阿古柏攻入南疆,曾一度占领新疆大部。1878年,左宗棠从阿古柏手中收复了新疆。
不平静啊。