本帖最后由 楚越DOCa 于 2017-3-7 05:09 编辑
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1. 3 统计分析
基于本研究作者的实验结果和参考文献【11】中所示的东亚的NRY单倍群树,定义每个个体的Y单倍群。
在实践中,为了确保获得有效的遗传样本大小,对于每个分支,其他公布的数据,如云南壮族,布依族,水族【12】,贵州布依族【13】和未发表的数据(复旦大学,数据未发表),如广西田林壮,上思壮,五色壮和Man-Caolan壮数据,都增加到了相应的广西壮族分支上。
进行分层聚类分析,以显示广西壮族分枝的遗传距离(亲和力),使用SPSS13.0计算每个分枝中不同单倍群的频率。 通过结合层次聚类分析,主成分分析和关联分析,确定系统发生和Y染色体单倍群之间的关系,以揭示壮族分支之间的系统发生关系; 然后对于每个主成分根据其地理分布使用Surfer7.0软件绘制的梯度分布图来观察,其中主成分值用作高度值。
在Arlequin1.1软件中使用分子方差分析框架(Analysis of MOlecular VAriance framework-AMOVA)计算不同分支的Y-单倍型频率导致的群体之间和之内的方差,以进一步阐明不同壮族分枝的系统发生。最后,针对具有相同Y-STR单倍群的不同分支,使用11.0网络软件(network 11.0)绘制壮族的遗传框架,以显示壮族分支之间的详细差异和关联。
2 结果
2.1 壮族分枝中NRY单倍群的分布
计算了源自Y-SNP分型结果的不同壮族分枝的单倍群频率。如表3所示,壮族的Y单倍群主要聚集在O *,O1,O2a和O3,东亚四个最常见的单倍群。 Haplogroup O *是最常见的,其次是O2a和O1,表明壮族是东亚典型的南方群体,拥有更古老的Y单倍群。 有趣的是,O3,O3e和O3e1,东亚北方群体的特征单倍群也常见于壮族,显示两个群体之间的共同基因交流。