本帖最后由 楚越DOCa 于 2017-3-7 05:00 编辑
(为内部讨论文件,请勿转载)
1材料与方法
1.1 样品收集和DNA提取
从广西省八个代表性壮族生活区收集了129份血样,分别代表8个壮族分支。使用传统的苯酚-氯仿方法从白细胞中提取DNA【8】。表1显示了不同分支和样本大小的详细信息。所有的个体均为壮族超过三代并且是不相关的健康男性,在招募时被要求签署知情同意书。
1.2 Y染色体双等位基因分型
引入了两种Y-SNP分型策略。对于具有长度变异即缺失或插入的SNP,使用荧光PCR(引物信息显示于表2中),将获得的产物在3100遗传分析仪(ABI公司,美国)上电泳以确定个体的基因型。对于没有长度改变,即取代或颠换的SNP,使用PCR-RFLP(限制性片段长度多态性)[4,6,8-10]。 通过两种分型方法的Y-SNP分型结果的综合分析来确定每个受试者的Y单倍群。
表1广西壮族8个分支的样本分布
| | |
邕北 | YB | 23 |
右江 | YJ | 5 |
桂边/布依 | GB | 4 |
红水河 | HSH | 39 |
桂北 | GN | 21 |
邕南 | YN | 19 |
左江/岱依 | ZJ | 15 |
德靖/侬 | DJ | 3 |
|
| |
为进行PCR使用了引物混合物,其含有M175,0.04μL;M121,0.03μL;M134,0.03μL; M117,0.06μL;M111,0.08μL;和M15,0.02μL。每个PCR反应(体积5μL)包括0.5U的KodDash聚合酶(TOYOBA),0.26μL引物混合物,10ng基因组DNA和缓冲液。PCR条件如下:98℃10s,55℃2s,74℃2s,30个循环,最后在4℃扩增。
为了测试不同分支之间的变异程度,使用与用于分型Y-SNP相同的方法分型Y-STR。关于Y-STR引物的信息也示于表2中。每个PCR系统的体积为5μL,含有KodDash聚合酶,0.05μL; 10×缓冲液,0.5μL; dNTP(各2.5mmol / L),0.4μL;基因组DNA,10ng;引物混合物,0.4μL。通常,在两个板中进行PCR反应。面板1包括引物对DYS389,0.05μL×2(正向和反向); DYS390,0.07μL×2; DYS391,0.08μL×2;总体积为0.4μL。面板2包括DYS388,0.05μL×2; DYS392,0.07μL×2; DYS393,0.02μL×2;DYS19,0.06μL×2。