南宁古属百粤之地。秦始皇三十二年（公元前214年），秦王朝统一岭南地区后，设桂林、象、南海三郡，南宁属桂林郡。
公元前206年，秦将赵佗建立“南越王国”，南宁为其辖地。西汉元鼎六年（公元前111年），汉武帝重新统一岭南，置苍梧、郁林、合浦、南海等郡，南宁地属郁林郡领方县所辖。三国时，南宁属吴，后来又先后归西晋、东晋、宋、齐、梁、陈6个朝代管辖。
东晋大兴元年（公元318年），从郁林郡分出晋兴郡（隶属广州），下辖晋兴等8个县（相当于现在的邑宁、武鸣、隆安、宁明、龙州、靖西等县及百色市一带），晋兴郡治设在晋兴县城，即今南宁。此为南宁建制之始。从此，南宁成为相当于地市一级政权机关驻地。
隋文帝开皇十八年（公元598年），改晋兴县名为宣化县。隋炀帝改州为郡，南宁仍为宣化县地，归郁林郡。
唐武德四年（公元612年）改宣化县为南晋州（属岭南道）。贞观八年（公元634年），南晋州更名为邕州，设邕州下都督府。此为南宁简称“邕”之起源。
唐天宝元年（公元742年），改邕州为朗宁郡。乾元元年（公元758年）复改朗宁郡为邕州。
唐咸通三年（公元862年），分岭南道为东、西二道。今广东属岭南东道，治所在广州，广西属岭南西道，治所在邕州（今南宁）。岭南西道节度使亦驻邕州，统辖原属邕、容、桂三管之地。这是南宁作为省级政权机关驻地的开始。从此，南宁成为广西政治和军事中心、祖国南疆重镇。
五代十国时，邕州先归楚。后晋天福七年（公元942年），改邕州为诚州，仍归楚。后周广顺元年（公元951年）复名邕州，归属南汉。
宋朝统一全国后，邕州隶属于广南西路，下辖宣化、武缘等7县，今南宁仍为昌州、宣化县治所。
宋代的邕州建有新城，城垣大约是从现在的南门口沿南环路向东北，过电信大楼、金融大厦旁，向北到工人文化宫附近，再折向百货大楼、新华路，转向当阳路，接临江路，再转回南门口。新城采用了砖石结构。
元朝至元十六年（公元1279年），改邕州为邕州路，下辖宣化、武缘两县，兼镇左右两江溪峒。元泰定元年（公元1324年），改邕州路为南宁路（取南疆安宁之意）。南宁由此得名。
明洪武元年（公元1368年），改南宁路为南宁府，府治宜化县城，即今南宁，隶属广西布政使司。
清朝实行行省制，改布政使司为广西省，省会定在桂林，南宁府隶属于广西省分巡左江兵备道，所辖州、县，基本上沿袭明朝。今南宁为南宁府宣化县辖地，并为府治、县治治所。
中华民国元年（1912年），革命党人迫使广西提督同意南宁宣布独立，废宣化县，以府长理事，直属广西军政府。民国2年6月撤南宁府存南宁县，同时在武鸣设邕南道，直属于省军政府，下辖南宁、武鸣等10个县及3个土州和8个土司；10月，广西省政府从桂林迁至南宁。民国15年，广西省撤道设行政区，南宁区辖邕宁、宾阳、横县、永淳、扶南、绥绿、隆安、同正、上思等9县。民国16年7月设南宁市政府，与邕宁县政府合署办公；11月，撤销市级建制。民国20年，成立南宁市政工程处，重新筹划建市工作。民国23年9月，广西省政府委员会行政会议划定南宁市区域：东至葛麻岭、军校一带；南至津头村，西至秀田村、乎西新村；北至大王坟、金牛桥。同年11月，广西省改按数码称区名，南宁为第九区。民国25年（1936年），广西省会由南宁迁桂林。民国31年4月，原第八、第九区合并为第四行政区，行政督察专员公署设在南宁。
抗日战争期间，南宁两次遭日军侵占。抗战胜利后，南宁曾筹划建市，后以邕宁县财政困难，建市计划告吹。建国前，南宁城分为兴宁、邕西、邕南、德邻、邕北、模范、宁武7镇（由原来的10个镇合并）。
1949年12月4日，南宁解放。将南宁城及附近的16个自然村从邕宁县划出，成立直辖广西省的南宁市。1950年1月23日南宁市人民政府正式对外办公；2月初，南宁市郊扩大至21个自然村并设郊区工委（辖3个区）。1950年2月8日，广西省人民政府成立，省会设在南宁。1952年10月将城区划为四、五、六区（后改二、三、四区）。1955年7月，南宁市人民政府改称南宁市人民委员会；12月25日撤销城区建制，成立13个街道办事处。1957年，增设3个街道办事处。1958年3月5日，广西壮族自治区成立，南宁市成为自治区首府。1958年7月，设立江宁、兴宁、永宁3个市辖区，撤销大部分街道办事处，保留少数边远街道办事处作为其所在区的派出机构。1958年9月，南宁专署和南宁市实行统一领导，即将南宁市划归南宁专署统一领导。1961年5月，南宁市与南宁专署分开，直属于广西壮族自治区。1962年1月撤销城区建制，在市人委设立街道工作委员会。1968年4月13日，成立南宁市革命委员会，取代市委和市人民委员会，1979年8月设立新城、永新、江南、朝阳、衡阳5个市辖区。1980年4月朝阳区改称兴宁区，衡阳区改称城北区；6月28日第七届南宁市人民代表大会决定撤销南宁市革命委员会，恢复南宁市人民政府。1982年8月2日，国务院批准将南宁地区邕宁县的那龙、江西、坛洛3个公社划归南宁市管辖。1983年10月8日，国务院批准将原属南宁地区的邕宁、武鸣两县划归南宁市管辖，1984年1月移交，4月，南宁市人民政府正式接管。至此，南宁市共管辖5城区1郊2县。
1992年6月15日，国务院决定南宁市为对外开放城市，实行沿海开放城市政策。南宁市跨进了一个新的历史发展时期。
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